Да в чем проблема я не понимаю?
float ellipsedTime = 0;
public float timeStep = 1000f / 60f;
void Update()
{
ellipsedTime += Time.deltaTime * 1000f;
while(ellipsedTime >= timeStep)
{
ellipsedTime -= timeStep;
UpdateLogic();
}
}
void UpdateLogic()
{
// обновление логики с фиксированным шагом времени в timeStep мс
}