[Жека]

>> архив всей директории чтобы хранить её как backup

не, это способ хранения версий без системы контроля ))

Суть проблемы покороче:

1. Папка - произвольная папка с ресурсами проекта (н-р gfx).
- существует в коммите №1, перед вторым коммитом заменяем её на файл

2. Файл - любой файл без расширения файла, его имя совпадает с именем папки (т.е. тоже gfx)
- существует в коммите №2

3. Совпадение имён папки и этого файла при чекауте между коммитами 1 и 2, несмотря на то что они существуют врозь в разных коммитах, приводит к исчезновению обоих.

Я удалял папку просто в проводнике, ничего об этом не говоря git'у.
Однако, делая второй коммит видел, что там статус - "папку - удалить, файл - добавить", т.е. git всё понял правильно.