В новом GUI в еще не вышедшей Unity 4.6 есть маска на основе альфы спрайта. Если делать 3d элементами, то можно перед баром нарисовать только в глубину модель-маску (пример должен быть
тут, но вики что-то сейчас не работает). А потом рисовать бар, который чуть дальше от камеры и включить ZTest. Стенсильным буфером я не пользовался, поэтому ничего особого посоветовать не могу.