Доступ из js к C# скриптам или наоборот напрямую возможен при некоторых условиях. Например скрипты js лежат в папке Plugins, а C# лежат вне ее, тогда из C# можно получить доступ к скриптам на js. В обратную сторону можно получить доступ используя рефлексию.
Порядок компиляции и специальные папки описаны тут:
http://docs.unity3d.com/Manual/Scrip...erFolders.html