2WISHMASTER35
1. В OnGUI можно рисовать с использованием GL, это не решит проблемы? В целом можно так же рисовать в событии EventType.Repaint, когда Layout уже рассчитан, тогда изменение матрицы не должно повлиять на него, ну и в целом свои функции push и pop можно попробовать сделать.
2. В целом да, надо еще проверять, в какой сцене ты его редактируешь наверное) Но лучше использовать Undo.
Постоянно путаю ARA с Жекой по аватарке... немного бесить уже начинает