.fbx придуман для экспорта из макса в CAT'ы там всякие от autodesk'а, насколько мне известно, минус формата в том, что он не держит шейдеры. Насчет других минусов - я не в курсе.
А так по идее и костную анимацию держит..в общем экспортируй
Ах да, еще один минус .fbx (который блица не касается) это то, что на этот формат отсутствует спецификация, получить ее можно лишь вступив в Autodesk Developer Network за определенную плату.