Таки смог побороть проблему сам. Снова. Порядок действий:
1) Поиском по реестру ищем упоминания нужных расширений файлов и удаляем найденные разделы (главное не удалить что-то, не относящееся к расширению, придётся трудно, если расширение представляет собой часть каких-то распространённых слов, которые будут засорять результаты поиска, впрочем, вроде бы можно искать по имени расширения с точкой вначале, тогда шанс выпадения неправильных результатов меньше).
2) Командами ASSOC и FTYPE проставляем нужные ассоциации. Пример:
assoc .php55exe=PHP55File
ftype PHP55File=C:\php55\php.exe -f "%%1" -- %%~2
Было бы круто автоматизировать это всё и написать батник, который будет сначала удалять определённые разделы реестра (а их там нашлось штук 10 на одно расширение), а после чего проставлять указанные ассоциации. Но хрен его знает где находятся все эти разделы, чтобы удалить их все наверняка. Можно снова поиском также поискать и записать вручную пути, но не факт, что у другого человека на другом компьютере будет насрано в реестре только в этих же самых местах, винда непредсказуемая.