[Phantom]

Я ffmpegом пользуюсь. Удобно, умеет конвертировать аудиодорожки, просто копируя видеопоток без изменений. Он вообще много чего умеет.
Типичный пример использования:

ffmpeg.exe -y -i original-video.mp4 -c:a aac -b:a 128k -c:v libx264 -b:v 1800k -s 1920x1080 -strict -2 -threads 0 new-video.mp4

Меняет аудиодорожку на aac 128kbps, а видео на h264 fullhd с битрейтом 1800kbps. Чтобы использовались все ядра процессора, указываем параметр -threads 0. Для чего тут нужен -strict -2 я не помню, но была какая-то проблема, которая этим решилась. Если нужно только аудио сконвертировать, то нужно сделать что-то вроде (не проверял, можно погуглить):

ffmpeg.exe -y -i original-video.mp4 -c:a aac -b:a 128k -c:v copy -strict -2 -threads 0 new-video.mp4

Наверняка можно и пакетно обработать кучу файлов, а если нет, то можно какой-нибудь батник запилить. Ещё им можно собрать в видео кучу кадров в виде картинок (0000.png, 0001.png и т. д.), я это использовал когда нужно было наложить анимацию на кучу видео с определённым временным смещением. Написал скрипт на PHP, который вызывал ffmpeg с нужными параметрами. Видео раскладывалось на кадры, после чего нужные кадры редактировались при помощи ImageMagick, и собиралось обратно. Наверняка можно сделать подобное гораздо быстрее и проще при помощи других программ, но в моём методе можно сколько угодно усложнять фичи "монтажа" и после чего обрабатывать сразу партию видео при помощи единажды написанного скрипта. Правда давно это дело было. Но ffmpeg до сих пор иногда использую, в основном для конвертации видосов с мобилы, чтобы весили меньше. Как раз кстати первая команда из этого поста у меня для этого используется.

Также ffmpeg умеет обрабатывать сложные видео с несколькими аудиодорожками, а может даже DVD фильмы с менюшками, но я особо в это не вникал, не было нужды. Его возможности практически безграничны.