[moka]

Тонкого места тут нету. Технически нету никаких реальных нужд создавать тысячи соединений к монго, следственно и поддерживать их.
Большое число соединений нужно лочить, сортировать и приотеризировать, а это "стоит". Конечно копейки, но когда у тебя тысячи соединений - следственно расход просто глупый.

По своему опыту скажу, что самое главное это понять как работают Compound Index'ы в mongo.

Если у тебя очень простые key<>value данные, и мелкие документы без необходимости сложных запросов, то лучше юзать что-то для этих целей, типа cassandra или couchdb, они лучше подходят для попроще данных, но побольше объёмам.