Создаешь в Assets текстовый файл csc.rsp
В нем строки
"-nowarn:0618
-nowarn:0649
-nowarn:0168
..."
и все...
ЗЫ: имя и расширение файла зависит от используемого компилятора
Для микрософтовского csc.rsp, для моно вроде msc.rsp...
https://answers.unity.com/questions/...-messages.html
ЗЗЫ: там же, кстати можно указать и другие параметры компиляции, например DEBUG/RELEASE...