Просто модельки хранить не правильно, надо из них делать префабы. Иначе скрипты на них не повесить и при реимпорте модели может что-то слететь. Ну суть не в этом.
Для динамического выбора моделек можно сделать кнопки, при нажатии на которые будет формироваться динамическое контекстное меню
http://docs.unity3d.com/ScriptRefere...nericMenu.html Которое может читать файловую систему и подставлять в меню что угодно.
PS: По поводу расширения редактора на моей вики есть несколько статей, первая как раз подойдет для написания кастомного редактора для скрипта.