Мало восклицательных знаков.
Во-первых, кто тебе сказал, что много слоев - это хорошо ?
Представляю какой у тебя мега-ацкий движок получился. если ты азов не знаешь
Чем больше слоев текстур - тем меньше производительность.
Текстурь все в один слой.
На второй слой можешь лайтмапу наложить.
Сделай текстуры перехода (текса 1 и текса 2, текса 1 и текса 3 и тд) , построй грамотно сетку, и текстурь по полигонам.
Вот это будет грамотно.
А по слоям текстурить много ума не нужно: качай редакторы и вперед. Например FLE